一是計息付息方式不同。憑證式于購買當日起息，到期一次還本付息，不計復利，逾期不加計利息；電子式于發行期首日起息，按年付息，如果把每年收到的利息再投資國債或理財產品等，電子式國債到期總收益高于同期限憑證式國債。目前，最新發行的儲蓄國債利率為三年期4.0%，五年期4.27%。

二是購買和兌付的程序不同。從購買程序看，憑證式國債持現金或個人銀行存款到商業銀行網點即可購買，無需開戶；電子式需開立個人國債賬戶并指定對應的資金賬戶后，通過柜臺或網銀購買，對選擇網銀或一次開戶后多次購買的客戶更為便利。從兌付程序看，憑證式須持國債收款憑證前往柜臺辦理兌付；電子式到期無需前往柜臺辦理，本息資金自動劃入投資者資金賬戶，逾期按活期利率加記利息。

三是債權記錄方式不同。憑證式國債填制統一制式的“收款憑證”，購買人自行保管。根據財政部公告〔2016〕120號，自2017年起發行的憑證式國債更名為儲蓄國債（憑證式），并啟用新版“收款憑證”，請廣大投資者注意甄別。儲蓄國債（電子式）采用電子方式記錄投資者擁有的儲蓄國債明細債權，沒有紙質憑證，可以通過電話復核查詢債權。