率直進諫，雍正多次下旨嘉獎

石云倬出身貧賤，他將自己考中武進士而進入仕途，看成是皇恩所致。所以，他一直是抱著感恩的思想在為清王朝服務。工作中，他一旦發現不合情理的現象，便擬成奏章上報朝廷，促使當朝統治者加以研究改進；對發現的貪贓枉法者，尤其是那些身居要職或是有著旗人背景的總督、將軍，他都不假思索地上奏朝廷，希圖借助皇威給予懲處。他的這些做法，對于改進軍隊的管理和提高部隊的戰斗力，無疑會起到積極的促進作用，但同時也得罪很多人。
雍正皇帝曾多次嘉獎石云倬不徇情面，據實直陳。中國第一歷史檔案館編纂的《雍正朱批奏折》中，有近10篇為石云倬所上的奏書。如雍正三年（1725）七月，石云倬上疏言奏：“兵丁編造名冊，原以稽查奸偽，若年貌不符，名姓互異，冊籍還有什么用呢？臣久處營伍，常見真假名冊互相頂替。前在鎮番慶陽，曾剔清此弊。今贛鎮七六營，尤非鎮慶兩營可比。請更定舊冊，以杜奸偽”。雍正四年（1726）二月得旨:“詳核兵丁清冊以聞,所奏甚是,下部議敘”。
雍正五年（1727）三月，他上奏說:“浙省營伍……軍裝損壞，教場公署已廢，查其致此之由，一則惜公費而潤私囊，病在侵蝕。一則務虛名而忘實效，病在矯情。前任提臣如王世臣、吳都，隱空糧數百名，一切營制置之度外，此侵蝕之尤者。……臣請各營，按計百名內有留3名以備公用，庶營務不敢廢弛”。又奏：“營規四款一冊，報宜審。造四柱清冊，開列領銀、用銀實數，以杜捏飾。一是經費宜節，修葺衙署及鋪墊名色，只許添湊，不準冒銷。一是制造宜核，軍裝、旗幟等項，責令將備選料、造作加法，期經久可用。一是收貯宜謹，凡軍器擇高燥房屋藏貯，以防損缺。交代時驗收”。很快得到皇帝應允的圣旨。
四月，石云倬又上疏……；六月，石云倬繼續上奏……；雍正八年（1730）五月，他再次上疏言……。這些奏疏上報后，雍正皇帝照批“下部議行”或“深嘉之”。
在彈劾官吏方面，不論是誰，只要有證據證實是貪贓枉法的，石云倬都是不徇私情、毫無顧忌地上書揭露。如：他改任江西南贛總兵后，曾彈劾前鎮官黃起憲通過多報自然損耗而貪污糧食和對下勒索；九江副將署贛鎮王用，侵餉并撥補給把總馬成功、謝晉，然后向其索要銀帛等物。在雍正五年（1727）三月的奏疏中，他曾彈劾前任提臣王世臣、吳都長期侵吃空額。雍正六年（1728）三月，他彈劾巡撫常赍家人擅坐大轎，招搖過市。四月疏言：“閩省歷任提臣，馭下無術，兵驕將疲，營伍大壞。必須大為整剔”。他的這些彈劾，使有的官員受到革職擬罪，有的官員降級使用，有的受到批評警告等。這樣做，雖然對改進官場風氣起到一定作用，但他也賺得一個“愛管閑事”的綽號。

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